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刘鹏渊

编辑:admin 时间:2014年05月13日 访问次数:9211

刘鹏渊

 
教育背景:

1992-1996 浙江大学,学士
1996-2002 浙江大学,博士
 
研究工作经历:

2002-2004 Creighton 大学,博士后
2004-2006 华盛顿大学(圣路易斯),博士后
2006-2010 华盛顿大学(圣路易斯),研究助理教授
2010-2014 威斯康星医学院,肿瘤中心和生理系,副教授
2013-2014 威斯康星医学院,系统分子医学中心,计算生物学部负责人
2014-至今 浙江大学,转化医学研究院和医学院附属邵逸夫医院,教授
 
研究方向:
 
我的主要研究领域包括生物信息学和癌症基因组学,其主要研究目标是发展挖掘大生物医学数据(Biomedical Big Data)的统计和计算方法。
 
1. 癌症基因组测序数据中的突变检测的生物信息工具
所有的癌症都源自于体内肿瘤细胞的DNA序列异常。近年来出现的新一代测序技术(next generation sequencing,NGS)是在分子生物学和基因组学中最具突破性的进展之一,对癌症基因组大规模和无偏的测序极大地促进了癌症的研究。鉴定突变中的驱动基因有望成为药物靶点和应用于个性化的基因靶向癌症治疗。但目前癌症基因组测序领域面临的重大挑战包括癌症的异质性、肿瘤和正常组织DNA的混合和体细胞突变的复杂性。我们将致力于开发推断体细胞突变模式、估计肿瘤组织的纯度和鉴定肿瘤中亚克隆等统计学和生物信息学的工具;发展的分析平台将应用于分析TCGA(The Cancer Genome Atlas)大规模外显子测序数据,挖掘各种癌症的驱动基因。
 
2. 肺癌预后的lncRNA分子标记。
大约50%非小细胞肺癌I期和II期病人在手术后仍死于癌症复发,但目前还没有可靠的分子预测方法来鉴定非小细胞肺癌病人的临床结果。如果能有效鉴别那些病人容易癌症复发,对这些容易复发的癌症病人进行针对性化学化疗等措施,能有效地提高病人生存期。lncRNA是细胞中一类转录本长度超过150-200 个核苷酸的非编码RNA 分子,lncRNA在哺乳动物中基因调控有非常重要作用。但是,lncRNA在肺肿瘤发生和复发的作用机制尚不清楚。我们研究将回答以下几个主要科学问题:(1)肺癌组织中是不是存在lncRNA的表达?(2)能否通过高通量RNA-Seq测序发现这些lncRNA?(3)肺癌组织中lncRNA有什么生物学特性?(4)肺癌组织中有那些lncRNA存在特异性表达?(5)肺癌组织中lncRNA能否作为病人预后的分子标记?最终研究目标是揭示lncRNA在肺癌发生、发展和复发中的分子机制。
 
3. tRFs的识别和验证及其在肿瘤中的机制研究。
tRNA是生物体内一类非常丰富的非编码RNA,它可以通过识别并且转运特定氨基酸参与生物功能相关的蛋白质的合成。这种功能一直以来都被我们所熟知,但是最近一些研究者和我们的研究结果发现,这些古老的tRNA可以进一步生成具有调控功能的小片段的RNA (transfer RNA-derived RNA fragments, tRFs)。这类新的小分子RNA可以来源于tRNA的茎环状结构区域,或者其前体序列,主要包括5种类型,5ʹ-halves 和 3ʹ-halves (>30 nt;产生于反密码子环), 5ʹ-tRFs 和 3ʹ-tRFs (15-30 nt;产生于茎、D环或者TΨC环),以及3ʹU-tRFs(产生于其前体序列)。最近,我们通过对TCGA的小RNA测序数据中鉴定的tRFs分析发现,异常的5ʹ-tRFs 和 3ʹ-tRFs也同样广泛存在于各种肿瘤组织中。我们课题组将致力于发展生物信息学方法和利用TCGA泛癌肿瘤测序大数据来鉴定肿瘤驱动tRFs,阐明tRFs在肿瘤发生发展以及转移复发中的作用及其机制。
 
实验技术:
 
二代测序技术,高性能计算,统计,计算机编程,肿瘤组织库,测序文库构建。
 
主要研究论文:
 
1.  Sun X, Han Y, Zhou L, Chen E, Lu B, Liu Y, Pan X, Cowley AW Jr, Liang M, Wu Q, Lu Y*, Liu P*. A comprehensive evaluation of alignment software for reduced representation bisulfite sequencing data. Bioinformatics. 2018 Mar 22. doi: 10.1093/bioinformatics/bty174.
2.     Zhang H, Lu Y, Chen E, Li X, Lv B, Vikis HG, Liu P*. XRN2 promotes EMT and metastasis through regulating maturation of miR-10a. Oncogene. 2017 2017;36(27):3925-3933.
3.     Chu C, Fang Z, Hua X, Yang Y, Chen E, Cowley AW Jr, Liang M, Liu P*, Lu Y*. deGPS is a powerful tool for detecting differential expression in RNA-sequencing studies. BMC Genomics. 2015;16(1):455.
4.      Li L, Chen E, Yang C, Zhu J, Jayaraman P, De Pons J, Kaczorowski CC, Jacob HJ, Greene AS, Hodges MR, Cowley AW Jr, Liang M, Xu H, Liu P*, Lu Y*. Improved rat genome gene prediction by integration of ESTs with RNA-Seq information. Bioinformatics. 2015 Jan 1;31(1):25-32.
5.     Morrison CD#*, Liu P#, Woloszynska-Read A, Zhang J, Luo W, Qin M, Bshara W, Conroy JM, Sabatini L, Vedell P, Xiong D, Liu S, Wang J, Shen H, Li Y, Omilian AR, Hill A, Head K, Guru K, Kunnev D, Leach R, Eng KH, Darlak C, Hoeflich C, Veeranki S, Glenn S, You M, Pruitt SC, Johnson CS, Trump DL. Whole Genome Sequencing Identifies Genomic Heterogeneity at a Nucleotide and Chromosomal Level in Bladder Cancer. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014;111(6):E672-81.
6.     Kelly LM#, Barila G#, Liu P#, Evdokimova VN, Trivedi S, Panebianco F, Gandhi M, Carty SE, Hodak SP, Luo J, Dacic S, Yu YP, Nikiforova MN, Ferris RL, Altschuler DL, Nikiforov YE*. Identification of the transforming STRN-ALK fusion as a potential therapeutic target in the aggressive forms of thyroid cancer. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014;111(11):4233-8 (co-first author).
7.     Wang F, Li L, Xu H, Liu Y, Yang C, Cowley AW Jr, Wang N*, Liu P*, Liang M*. Characteristics of long non-coding RNAs in the Brown Norway rat and alterations in the Dahl salt-sensitive rat. Sci Rep. 2014 Nov 21;4:7146. doi: 10.1038/srep07146.
8.     Hua X, Xu H, Yang Y, Zhu J, Liu P*, Lu Y*. DrGaP: A Powerful Tool for Identifying Driver Genes and Pathways in Cancer Sequencing Studies. Am J Hum Genet. 2013 Sep 5;93(3):439-51.
9.     Liu P, Yang P, Wu X, Vikis HG, Lu Y, Wang Y, Schwartz AG, Pinney SM, de Andrade M, Gazdar A, Gaba C, Mandal D, Lee J, Kupert E, Seminara D, Minna J, Bailey-Wilson JE, Spitz M, Amos CI, Anderson MW, You M*. A second genetic variant on chromosome 15q24-25.1 associates with lung cancer. Cancer Res. 2010;70:3128-35. (IF=9.241)
10.   You M#, Wang D#, Liu P#, Vikis H#, James M, Lu Y, Wang Y, Wang M, Chen Q, Jia D, Liu Y, Wen W, Yang P, Sun Z, Pinney SM, Zheng W, Shu XO, Long J, Gao YT, Xiang YB, Chow WH, Rothman N, Petersen GM, de Andrade M, Wu Y, Cunningham JM, Wiest JS, Fain PR, Schwartz AG, Girard L, Gazdar A, Gaba C, Rothschild H, Mandal D, Coons T, Lee J, Kupert E, Seminara D, Minna J, Bailey-Wilson JE, Amos CI, Anderson MW*. Fine mapping of chromosome 6q23-25 region in familial lung cancer families reveals RGS17 as a likely candidate gene. Clin Cancer Res. 2009;15:2666-74.
11.    Liu Y#, Liu P#, Wen W, James MA, Wang Y, Bailey-Wilson JE, Amos CI, Pinney SM, Yang P, de Andrade M, Petersen GM, Wiest JS, Fain PR, Schwartz AG, Gazdar A, Gaba C, Rothschild H, Mandal D, Kupert E, Lee J, Seminara D, Minna J, Anderson MW, You M*. Haplotype and cell proliferation analyses of candidate lung cancer susceptibility genes on chromosome 15q24-25.1. Cancer Res. 2009;69:7844-50.
12.   Liu P, Vikis H, James M, Lu Y, Wang DL, Liu HB, Wen WD, Wang Y, You M*. Identification of Las2, a major modifier gene affecting the Pas1 mouse lung tumor susceptibility locus. Cancer Res. 2009;69:6290-8.
13.   Liu P, Vikis HG, Wang D, Lu Y, Wang Y, Schwartz AG, Pinney SM, Yang P, de Andrade M, Petersen GM, Wiest JS, Fain PR, Gazdar A, Gaba C, Rothschild H, Mandal D, Coons T, Lee J, Kupert E, Seminara D, Minna J, Bailey-Wilson JE, Wu X, Spitz MR, Eisen T, Houlston RS, Amos CI, Anderson MW, You M*. Familial aggregation of common sequence variants on 15q24-25.1 in lung cancer. J Natl Cancer Inst. 2008;100:1326-30.
14.   Liu P, Wang Y, Vikis H, Maciag A, Wang D, Lu Y, Liu Y, You M*. Candidate lung tumor susceptibility genes identified through whole-genome association analyses in inbred mice. Nat Genet. 2006;38:888-95. (IF = 32.197)



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