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刘鹏渊

编辑:admin 时间:2014年05月13日 访问次数:7283

刘鹏渊

教育背景

1992-1996     浙江大学,学士

1996-2002     浙江大学,博士 (导师:朱军)

研究工作经历

2002-2004    Creighton 大学,博士后,Postdoctoral Fellow

2004-2006    华盛顿大学(圣路易斯),博士后,Postdoctoral Associate

2006-2010    华盛顿大学(圣路易斯),研究助理教授, Research Assistant Professor

2010-2014    威斯康星医学院,副教授,Associate Professor

2013-2014    威斯康星医学院,系统分子医学中心,计算生物学部负责人

2014-至今    浙江大学转化医学研究院、医学院附属邵逸夫医院,教授

研究方向

我的主要研究领域包括生物信息学和癌症基因组学,其主要研究目标是发展挖掘大生物医学数据(Biomedical Big Data)的统计和计算方法。

1. 癌症基因组测序数据中的突变检测的生物信息工具

所有的癌症都源自于体内肿瘤细胞的DNA序列异常。近年来出现的新一代测序技术(next generation sequencingNGS)是在分子生物学和基因组学中最具突破性的进展之一,对癌症基因组大规模和无偏的测序极大地促进了癌症的研究。鉴定突变中的驱动基因有望成为药物靶点和应用于个性化的基因靶向癌症治疗。但目前癌症基因组测序领域面临的重大挑战包括癌症的异质性、肿瘤和正常组织DNA的混合和体细胞突变的复杂性。我们将致力于开发推断体细胞突变模式、估计肿瘤组织的纯度和鉴定肿瘤中亚克隆等统计学和生物信息学的工具;发展的分析平台将应用于分析TCGA (The Cancer Genome Atlas)大规模外显子测序数据,挖掘各种癌症的驱动基因。

2. Xrn2调控成熟小RNA的表达及其在自发性肺癌中的机制

非吸烟肺癌是一个全球性的公共健康问题。小鼠自发性肺肿瘤的发生可作为一个人类非吸烟肺癌的动物模型。我们发现了基因Xrn2的顺式调控变异与近交小鼠品系的自发性肺肿瘤发生有关,肺组织中的Xrn2高表达增加肺癌发生风险。Xrn2编码5'-3' 外切核糖核酸酶2,其表达在多种类型的肿瘤中均是上调的。但是,Xrn2在自发性肺肿瘤的致癌分子机制尚不清楚。研究发现Xrn2在线虫中调控包括Let-7在内的成熟miRNA的降解,敲低Xrn2表达会增加线虫中Let-7水平。Let-7是著名的抑癌小RNA基因,它调控多个肿瘤发生的重要蛋白如RAS, MYC HMGA2的表达。我们的研究假设是,Xrn2介导的miRNA-mRNA调控网络的失调是导致自发性肺癌发生的根源之一。主要内容是探索Xrn2促进自发性肺肿瘤发生的分子机制。主要目标是发现多个由Xrn2介导的miRNA及其靶目标,为非吸烟肺癌诊断提供新的生物标记和抗癌治疗的新靶点。

3. 肺癌预后的lncRNA分子标记。

大约50%非小细胞肺癌I期和II期病人在手术后仍死于癌症复发,但目前还没有可靠的分子预测方法来鉴定非小细胞肺癌病人的临床结果。如果能有效鉴别那些病人容易癌症复发,对这些容易复发的癌症病人进行针对性化学化疗等措施,能有效地提高病人生存期。lncRNA是细胞中一类转录本长度超过150-200 个核苷酸的非编码RNA分子,lncRNA在哺乳动物中基因调控有非常重要作用。但是,lncRNA在肺肿瘤发生和复发的作用机制尚不清楚。我们研究将回答以下几个主要科学问题:(1)肺癌组织中是不是存在lncRNA的表达?(2)能否通过高通量RNA-Seq测序发现这些lncRNA?(3)肺癌组织中lncRNA有什么生物学特性?(4)肺癌组织中有那些lncRNA存在特异性表达?(5)肺癌组织中lncRNA能否作为病人预后的分子标记?最终研究目标是揭示lncRNA在肺癌发生、发展和复发中的分子机制。

实验技术:

二代测序技术,高性能计算,统计,计算机编程,肿瘤组织库,测序文库构建。

主要研究论文:

1.  Liu P, Wang Y, Vikis H, Maciag A, Wang D, Lu Y, et al. Candidate lung tumor susceptibility genes identified through whole-genome association analyses in inbred mice. Nat Genet. 2006;38:888-95.

2.  Liu PY, Lu Y, Deng HW. Accurate haplotype inference for multiple linked single-nucleotide polymorphisms using sibship data. Genetics. 2006;174:499-509.

3.  Liu P, Vikis HG, Wang D, Lu Y, Wang Y, Schwartz AG, et al. Familial aggregation of common sequence variants on 15q24-25.1 in lung cancer. J Natl Cancer Inst. 2008;100:1326-30.

4.  Hua X, Xu H, Yang Y, Zhu J, Liu P*, Lu Y*. DrGaP: A Powerful Tool for Identifying Driver Genes and Pathways in Cancer Sequencing Studies. Am J Hum Genet. 2013 Sep 5;93(3):439-51 (co-corresponding author).

5.  Liu Y*, Liu P*, Yang C, Cowley AW, Liang M. Base-Resolution Maps of 5-Methylcytosine and 5-Hydroxymethylcytosine in Dahl S Rats: Effect of Salt and Genomic Sequence. Hypertension. 2014;63(4):827-38 (co-first author).

6.  Morrison CD*, Liu P*, Woloszynska-Read A, Zhang J, Luo W, Qin M, Bshara W, Conroy JM, Sabatini L, Vedell P, Xiong D, Liu S, Wang J, Shen H, Li Y, Omilian AR, Hill A, Head K, Guru K, Kunnev D, Leach R, Eng KH, Darlak C, Hoeflich C, Veeranki S, Glenn S, You M, Pruitt SC, Johnson CS, Trump DL. Whole Genome Sequencing Identifies Genomic Heterogeneity at a Nucleotide and Chromosomal Level in Bladder Cancer. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014;111(6):E672-81. (co-first author).

7.  Kelly LM*, Barila G*, Liu P*, Evdokimova VN, Trivedi S, Panebianco F, Gandhi M, Carty SE, Hodak SP, Luo J, Dacic S, Yu YP, Nikiforova MN, Ferris RL, Altschuler DL, Nikiforov YE. Identification of the transforming STRN-ALK fusion as a potential therapeutic target in the aggressive forms of thyroid cancer. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014;111(11):4233-8 (co-first author).

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